东晋时筑长堤以防水患，并引湖水通入华林园、天渊池和宫内诸沟，再下注南城壕。
建康南迁人口甚多，加上本地士族，遂不得不在城东沿青溪外侧开辟新的居住区。
建康有长江和诸水网航运之便，舟船经秦淮河可以东西两方面抵达建康诸市，沿河及水网遂出现一些聚落。
秦淮河南岸的长干里就是著名的居住里巷，北岸的乌衣巷则是东晋王、谢名门巨族累世居住之地。
王公贵族的住宅多分布在城东青溪附近风景优美的地带。城中河道以秦淮河通长江，又从秦淮河引运渎直通宫城太仓，运输贡赋，北引玄武湖水南注青溪和运渎，以保证漕运和城壕用水。
此时的秦淮河，还不是后世的声色场所，而是华夏的商业中心。
秦淮河北岸有大市百余个，还有小市十余所，市场名目繁多，且专业分工，一些商品有专门的市场。
商品有三吴地区的粮食、丝帛、青瓷、纸张，长江中游来的铜铁矿石，海外的香料、珍宝等等。
秦淮两岸手工业作坊和商业廛肆星罗棋布，著名手工业产品有“百炼钢”、“罗纹锦”等多种。
商业廛肆有百货俱全的“大市”，还有纱、谷、盐、花、草和牛马等专门小市，物资充足，交通便利。
秦淮河上流方山置埭，有破冈渎东接江南运河，以通吴会。
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