当人证和物证送至法庭后，出乎意料的是最为愤慨并要求严惩凶手的并非是大明和葡萄牙、英国三国法官，反而是那位年长的意大利传教士。这位传教士愤慨地在法庭发言，声称这是违背了上帝意愿，为上帝所不允许的残忍行为，这些西班牙人根本就不能自称上帝的子民，他们已经完全投入了撒旦的怀抱，因为只有魔鬼才会做出这种事来。
在法庭上，吕宋都督里维拉到是保持了作为军人的气质，对于一系列的指控并不否认，同时坦然愿意接受任何审判结果。反而检审庭庭长萨尔瓦多却垂死挣扎，极力狡辩屠杀事件并非出自他的意图，而是那些土人所为，他这个检审庭长仅仅只是未能及时察觉，并且在之后应对失当，从而酿成了这个惨状。
不仅如此，萨尔瓦多还矛头一转，当庭指责联合舰队在毫无理由的情况下出兵吕宋，攻击西班牙舰队和马尼拉城。这种行为是不宣而战，不仅是对西班牙帝国的挑衅和侮辱，同样也是对整个西方世界的挑战。
面对萨尔瓦多的挣扎和狡辩，联合法庭用无法辩驳的证据一一展现回应，同时又召来十几个人证当庭作证，这些人证中不仅有华人，也有西方各国的人，甚至还有几个就是萨尔瓦多的下属和同僚，再加上里维拉的口供和当初带兵攻击庄园的马丁内斯上校和他的部下等人证言，都证明了萨尔瓦多才是真正的幕后主使。
就算面临这一切，萨尔瓦多依旧未肯认罪，可惜的是无论他是否认罪，证据确凿之下一切都真相大白。
最终，西班牙王国吕宋检审庭庭长萨尔瓦多、都督里维拉及直接参与此事的军政双方共计三十九人被审判犯有各项重罪以绞刑方式处死。而其余对屠杀事件负有责任，但罪不至死的一百一十二人分别判处十年至三十五年的刑期。
当威廉.亚当斯以联合法庭大法官的身份宣布最终审判结果时，这些犯人个个面如土色，精神气一下子就从他们各自的身体中被抽一空。尤其是之前在法庭上叫嚣狡辩，毫无反悔之意的萨尔瓦多的表现更是不堪，直接瘫倒在地，放声大哭。
其实按照大明的法律，绞刑是最轻的死刑一种，中国人讲究死后留有全尸是种仁德，也只有在特殊情况下才会给犯人留有全尸，一般来讲都是处斩解决。
而在斩刑之上，什么腰斩、凌迟、车裂这些刑法也不希奇，其他的不讲就说凌迟吧，按照情节轻重还分为几个等级，最低的为十六刀，再上去是三十二刀，然后是六十四刀一直到三百六十刀不等。
在历史上被判凌迟者不在少数，其中前明一朝被凌迟者有名的就有好些人，其中比较有名的比如正德朝的刘瑾被判剐3357刀，行刑时足足被剐了三天才死。在崇祯年间，庶吉士郑曼被剐了3600刀，至于大名鼎鼎的袁崇焕也是凌迟而死，被剐了3453刀……。
这些刑罚都是根据大明律的尺度来判决的，如果按照大明律来进行审判，萨尔瓦多这些人恐怕全部都是凌迟之罪，萨尔瓦多作为主谋直接被判3600刀丝毫不为过。
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