在官僚地主一浪高过一浪的抗议声中，张居正通令清丈全国田地，彻底清查被皇亲国戚、勋臣豪强及各级官僚所兼并隐瞒的土地。
至万历十年，清丈全国田地工作基本完成，共查出漏税土地八十余万顷，清丈工作沉重打击了违法的权贵地主，迫使他们交出欺瞒的田亩，或者按照实际田亩数额缴纳赋税，从而扭转了明朝财政亏空的局面。
在赋税不均的现象初步纠正后，张居正将一条鞭法推行至全国。将赋役进行合并，把徭役摊入田亩中与赋税、土贡方物一同合并征收丁银，改变了以往征收实物的赋役征收方式，并规定了税银有官方征缴，杜绝了里甲、胥吏对百姓的盘剥，显著的缓解了百姓的负担。
改革算成功了。经过张居正十年励精图治改革，明朝出现了政令统一，国库充盈的新气象，史称万历新政。
对张居正改革的动机与脉络，申时行太清楚不过了。他相信以朱翊镠的眼光，比他更清楚。
但毋庸置疑，尽管推行了一些列的改革，张居正没有动摇皇室宗亲的根本利益，啃噬大明的蛀虫依旧。
而且如果不是朱翊镠及时补救，恐怕张居正的改革会被断送。
如今可以说朱翊镠对张居正的改革不仅加以继承，还发展了。
这便是申时行看到的希望所在。
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