一枚大当量核弹已经被运送到了旧金山外海十五公里处，哥斯拉处于金门大桥，雄性穆托也在附近的天空，雌性穆托在穿过夏威夷群岛后，同样来到了旧金山，现在三头怪兽都已经齐聚旧金山！
接任作战指挥的海军上将威廉·斯坦兹不久前刚制定了一个疯狂的计划。
他们要用核弹的辐射作为诱饵，将三头巨兽吸引到海域二十公里外，随后引爆核弹，将三头怪兽一起炸死！
从计划开始实施，卫星就在密切关注和锁定三头怪兽的行进方向。
如预期的那般，雄性穆托追寻着核弹，哥斯拉追寻着雄性穆托，雌性穆托一直在靠近雄性穆托，三者都在往核弹靠近，计划的一切看起来都很顺利。
然而，EMP的冲击让所有电子设备失效，船只失去动力，价值数亿美金的战机从天而降。
天空的乌云被撞破，雄性木托无视了被人类炮火吸引的哥斯拉，在相隔几公里的海域，将运送核弹的船给撞入了海中。
指挥室内，现场画面消失，室内陷入到了死寂中。
芹泽博士看向了提出这次计划的威廉上将，眼睛似乎在说“看吧”！
被他眼神看得很不舒服的威廉上将转身，准备和前线的人了解一下情况。
“老师，快来看看这个！”指挥室角落，芹泽博士的女助手突然发出了惊呼声，吸引了所有人的关注。
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