皇祖陵延续中国传统皇陵建造，明祖陵主要建筑有玄宫、享殿、具服殿、金门、角门、红门、棂星门、内御桥、金水河、宰牲堂、井亭、神厨、神库、燎炉、祠祭署以及陵前石象生等。
明祖陵其城墙即有3道，最外面的罗城是土城，长9里30步；中间为砖城，长4里10步，神道石刻、金水桥、宰牲亭等均在城中；最里面是皇城，内有享殿及配殿等。
明祖陵内的建筑有皇城正殿五间，东西两庑六间，金门三间、左右角门二座，后红门一座，燎炉一座；
砖城一座，内四门四座、各三间红门，东西角门二座，外有先年东宫具服殿六间、直房十间，东西北三门、直房十八间，星门三座、东西角门二座，内御桥一座，金水河一道，石仪从卫侍俱全，天池一口，井亭一座，神厨三间，神库三间，酒房三间，宰牲亭一所，斋房三间；
外罗城内磨房一所，角铺四座，窝铺四座，砖桥一座。城外下马牌一座，东南面御水堤一道，自下马桥起，至施家岗止，共长六百七十五丈五尺。
外金水河堤添闸一座，城内东祠祭署一所，堂、厅、门、廊、斋房悉备，又署官私宅一区。
这些建筑位于皇陵外，是守陵官员居所。
按朱元璋定下的制度，问道也进不了内城，只能在外城祭祀，随后就和潘季驯一起前往高家堰。
高家堰原名洪泽湖大堤，明嘉靖中始见记载，当时系指今江苏省淮阴县高堰村附近的一段淮河堤防，据传是东汉陈登创建，是两千多年的世界上最早的人工堤坝。
万历六年，潘季驯反复权衡，即便顶着工部的反对依旧坚持为综合解决黄河、淮河、运河交会地区的问题，创修洪泽湖水库而大修洪泽湖大堤。
黄河淤沙是最大的问题，也是工部始终无法解决的问题。
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