而后俞大猷又于广武击败敌军，于是论平汪直功，并受到川湖总督黄光升的推荐，重新开始被录用，用为镇篁参将。
嘉靖四十年，俞大猷奉命征缴广东广东饶平贼张琏，将张琏连同其部下萧雪峰等全部生擒。
嘉靖四十一年起，俞大猷再次参与围剿倭寇的战争，先后以福建、广东总兵官的身份指挥兴化之战，潮州战役等，收获战功无数。
嘉靖四十五年，李亚元在河源、翁源一带作乱，总督吴桂芳征兵十万，派俞大猷前往征讨，俞大猷领兵直捣李亚元巢穴，前后俘斩一万四百余人，夺回百姓八万余人，朝廷授平蛮将军封号。
隆庆二年，海贼曾一本在广州、福建叛乱，澄海知县被擒，守备李茂才战死，俞大猷督广东兵前往征讨，俞大猷率领郭成、李锡等将其剿灭，将曾一本擒杀。
隆庆五年，广西黄朝猛、韦银豹作乱，劫杀官军百姓，抢夺财物。
巡抚殷正茂征兵十四万，派俞大猷前往讨伐，俞大猷兵分四路，连破贼巢，将敌人全部歼灭，斩首八千四百余，并生擒黄朝猛、韦银豹。
此战过后，俞大猷因功由世袭百户晋世袭指挥佥事。
这些年对倭寇的战争经验，俞大猷总结后发现，倭寇虽然从海上来，但是却擅长陆战，不擅长海战。
于是，在魏广德支持下俞大猷将东南各省水师整编合练为一支水师，并选用福船与倭寇在海上战斗，即大明南海水师，俞大猷得以封水师提督。
在水师战术上，俞大猷也指出，海上作战，无非是以大船打小船，以众击寡，以大铳打小铳。
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