没过一会儿，金田一二就把柯南虐得找不着北。
不过两人的心思也不在电动游戏上。
柯南把他的秘密告诉了金田一二。
原来世界上有一个跨国犯罪组织，他们的成员都喜欢穿黑色的衣服，所以姑且被柯南称为“黑衣组织”。
柯南自己目前也只知道这个组织的冰山一角。
他只知道这个犯罪组织体积庞大、心狠手辣、无恶不作，喜欢用酒的名字作为成员干部的代号。
目前柯南知道的成员就只有琴酒、伏特加、龙舌兰以及一个叫做广田雅美的成员。
当初柯南还是工藤新一的时候无意中遇到了他们的犯罪现场，结果就被那个叫做琴酒的男人袭击并打晕了。
琴酒给他喂了一种组织里自主开发的毒药，想要毒死他，不过这种毒药似乎还在试验阶段，所以产生了奇特的反应，让高中生工藤新一的身体缩小变成了小学生江户川柯南。
柯南为了找到变回工藤新一的解药，顺便捣毁这个犯罪组织，只好暂时寄居在毛利小五郎这里，一边帮他破案提升名气，一面暗中调查这个组织的事情。
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