后世之人不了解努尔干都司的作用，因此以为努尔干都司的裁撤就代表明朝对东北的失去。
然而、努尔干都司实际上是一个招抚东北各部的都司。
从努尔干都司建立初期，只有九个卫开始，到宣德年间裁撤努尔干都司时，明朝已经将东北各部招抚，并非建立了一百三十多个卫所。
这些卫所的建立，代表明朝对东北的羁縻成功，因此努尔干都司也就被裁撤了。
不过裁撤归裁撤，努尔干都司的职能，以及对东北羁縻卫所的管理，则是转移到了辽东都司身上。
不仅如此、明军在很长时间一直在羁縻管理东北，到正统十二年，奴儿干都司的卫所增加到了一百八十四所，万历年间，卫所甚至达到了三百八十四所，数量之多，统治区域之广，世所共见。
在漫长的羁縻管理时期，干得好的羁縻卫所官员，甚至会被委派到两京十三省内担任官员。
如景泰三年兀的河卫(今俄罗斯乌第河地区）的指挥使兀山，他因为政绩出色，被明廷调任山东行省辽东都司金州卫任职。
正德元年，葛林卫(管辖范围为今俄罗斯远东格林河地区）指挥同知塔哈住因治绩优异而被明廷从卫指挥同知升任卫指挥使。
诸如此类调任嘉奖数不胜数，而惩罚也是一直存在。
一直有反骨的建州女真暂且不提，成化十四年、阿古河卫(今俄罗斯远东阿古河流域地区）的兀丁哥等六人，就因违反明朝政令而被斩首。
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