接近下半夜的时候，明军在付出了三百多名官兵阵亡，五百多人负伤的代价之后，终于攻占了最为重要的船坞。在这里防御的近一千名荷兰官兵几乎全部被消灭。因为顾成林要的是一座完整的船坞，一座没有遭到严重破坏的船坞，所以陆战队基本上是依靠步兵在进攻，而没有得到多少炮火支援。防御的红夷军队也没有能够得到炮火支援，他们的炮塔，以及炮兵早就被明军舰队给干掉了。在半个夜晚的战斗中，双方官兵多次进行白刃战，这是双方损失惨重的主要原因。
攻占了船坞之后，明军拓展了港口内的阵地，随着更多的陆战队在港口内登陆，明军开始逐步压缩红夷军队的防线。同时，白天在港口外登陆的近两万陆战队官兵已经包围了整个港口地区，一万多荷兰官兵成为了瓮中之鳖。当然，这一万多人的抵抗力量是绝对不弱的，特别是在明军无法用覆盖性炮击来打击红夷的时候，几乎都是由双方的步兵在交战的。而夜色对双方的步兵来说都是个敌人，往往战斗都是在五十步的距离之内发生的，而这时候考验的不再是双方武器有多先进，而是军人的斗志，以及意志有多么的顽强。
仓库区的战斗进行得最为惨烈，这也是整个夜晚双方军队争夺的焦点。鲸湾港本来就是红夷设在这边的重要海港，而仓库区是港口最为重要的基础设施。红夷将大量的修理船舶的物资都存放在仓库里面，另外，还有他们的作战物资，也基本上都存放在这边。明军需要红夷的那些修理船舶的设备，同样的，荷兰军人也需要他们的作战物资。为此，至少有近四千名荷兰军人在这边防御，而进攻的明军陆战队官兵在下半夜的时候已经达到了八千多人，双方为了争夺每一座仓库，为了争夺每一块防御阵地，都在进行着顽强的战斗。
因为双方的炮兵都没有投入战斗，所以这是一场由步兵对决的战斗。在天亮之前，明军才攻占了仓库区的一半不到，仍然有近两千名荷兰官兵龟缩在仓库区的角落里面，抵挡着明军的进攻。而明军陆战队官兵也组织了多轮进攻，不过，在付出了数百人阵亡，上千人负伤的巨大代价后，进攻的收获却并不大，甚至可以说，在天亮之前的一个时辰的战斗中，陆战队寸步未进，根本就没有办法迅速突破荷兰军队的防线。
其他地点的战斗相对来说轻易了很多，天亮之前，明军陆战队基本上完成了对港口区的扫荡，荷兰军队也逐步退缩到了仓库区与堡垒两处地点继续抵抗。而在陆战队控制住了港口的码头区之后，顾成林让人把司令部设在了码头上。本来，按照帝国海军规定，在战斗结束之前，顾成林应该在旗舰上指挥战斗，不过，此时作战的主要力量已经是陆战队了，所以顾成林也来到了地面上，至少，他没有把自己完全当作是一个舰队司令官，海军的指挥官就应该指挥陆战队作战，因为陆战队也是海军的一部分。
“现在敌人还在这两处地方继续顽抗！”作战参谋是一名上校军官，他是参谋部里军衔最高的参谋了，当时虽然没有参谋长，不过作战参谋也算得上是半个参谋长了。“堡垒里的红夷大概还有三千人，仓库区这边有两千人。陆战队正在集中兵力攻打仓库区，争取在今天完成攻占任务。另外，我们安排了五千陆战队围困住了红夷的堡垒，准备在完成了对仓库区的占领任务之后，再集中兵力攻占红夷的堡垒！”
“红夷堡垒里面有没有储备重要的物资？”顾成林看了一眼作战参谋，接着目光就落到了旁边的一名英格兰的商人身上。这个商人多次到过鲸湾港，对这边的情况很熟悉，而且还懂一点汉语，所以顾成林就将他带上，让他做了明军的向导。
那名英格兰商人摇了摇头，说道：“荷兰人的堡垒是他们的总督，司令官的住所，另外也是军队的住所，里面除了总督等人的私人财产之外，最主要的就是防御部队的作战物资，其他的物资都存放在仓库区，而不会放在堡垒里面！”
“很好，那么，我们就没有必要在这里跟荷兰人纠缠下去了！”顾成林在地图上的堡垒点了点，“把陆战队的炮兵拉过去，另外，看看我们的战舰能否对堡垒进行炮击。”
“将军，我们的舰队靠不上去，除非让战舰在海滩上搁浅，不然根本就无法用战舰上的火炮对堡垒进行炮击。”
“那么，就把陆战队的炮兵全都集中过去，让他们必须在今天上午之前，把荷兰人的堡垒炸成废墟！”顾成林没有一点要放过荷兰人的想法，既然荷兰人不肯投降，那就让他们全都下地狱！
“将军，其实我们可以想办法说服荷兰人投降的！”那个英格兰商人大概想在顾成林面前表现一下，所以很是积极。
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